TY - JOUR AU - Adams, C. P. AU - Brantner, V. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Estimating the cost of new drug development: is it really 802 million dollars? JO - Heal Aff Proj Hope VL - 25 UR - https://doi.org/10.1377/hlthaff.25.2.420 DO - 10.1377/hlthaff.25.2.420 ID - Adams2006 ER - TY - JOUR AU - Ashburn, T. T. AU - Thor, K. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Drug repositioning: identifying and developing new uses for existing drugs JO - Nat Rev Drug Discov VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrd1468 DO - 10.1038/nrd1468 ID - Ashburn2004 ER - TY - JOUR AU - Hurle, M. R. AU - Yang, L. AU - Xie, Q. AU - Rajpal, D. K. AU - Sanseau, P. AU - Agarwal, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Computational drug repositioning: from data to therapeutics JO - Clin Pharmacol Ther VL - 93 UR - https://doi.org/10.1038/clpt.2013.1 DO - 10.1038/clpt.2013.1 ID - Hurle2013 ER - TY - JOUR AU - Efe, J. A. AU - Ding, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - The evolving biology of small molecules: controlling cell fate and identity JO - Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci VL - 366 UR - https://doi.org/10.1098/rstb.2011.0006 DO - 10.1098/rstb.2011.0006 ID - Efe2011 ER - TY - JOUR AU - Jopling, C. AU - Boue, S. AU - Izpisua Belmonte, J. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Dedifferentiation, transdifferentiation and reprogramming: three routes to regeneration JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrm3043 DO - 10.1038/nrm3043 ID - Jopling2011 ER - TY - JOUR AU - Iorio, F. AU - Rittman, T. AU - Ge, H. AU - Menden, M. AU - Saez-Rodriguez, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Transcriptional data: a new gateway to drug repositioning? JO - Drug Discov Today VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.drudis.2012.07.014 DO - 10.1016/j.drudis.2012.07.014 ID - Iorio2013 ER - TY - JOUR AU - Arrell, D. K. AU - Terzic, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Network systems biology for drug discovery JO - Clin Pharmacol Ther VL - 88 UR - https://doi.org/10.1038/clpt.2010.91 DO - 10.1038/clpt.2010.91 ID - Arrell2010 ER - TY - JOUR AU - Ideker, T. AU - Ozier, O. AU - Schwikowski, B. AU - Siegel, A. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Discovering regulatory and signalling circuits in molecular interaction networks JO - Bioinforma Oxf Engl VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S233 DO - 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S233 ID - Ideker2002 ER - TY - JOUR AU - Alcaraz, N. AU - Kücük, H. AU - Weile, J. AU - Wipat, A. AU - Baumbach, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - KeyPathwayMiner: detecting case-specific biological pathways using expression data JO - Internet Math VL - 7 UR - https://doi.org/10.1080/15427951.2011.604548 DO - 10.1080/15427951.2011.604548 ID - Alcaraz2011 ER - TY - CHAP AU - Ulitsky, I. AU - Karp, R. M. AU - Shamir, R. ED - Vingron, M. ED - Wong, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Detecting disease-specific dysregulated pathways via analysis of clinical expression profiles BT - Res comput mol biol PB - Springer CY - Berlin Heidelberg UR - https://doi.org/10.1007/978-3-540-78839-3_30 DO - 10.1007/978-3-540-78839-3_30 ID - Ulitsky2008 ER - TY - JOUR AU - Breitling, R. AU - Amtmann, A. AU - Herzyk, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Graph-based iterative group analysis enhances microarray interpretation JO - BMC Bioinforma VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-100 DO - 10.1186/1471-2105-5-100 ID - Breitling2004 ER - TY - JOUR AU - Warsow, G. AU - Greber, B. AU - Falk, S. S. I. AU - Harder, C. AU - Siatkowski, M. AU - Schordan, S. AU - Som, A. AU - Endlich, N. AU - Schöler, H. AU - Repsilber, D. AU - Endlich, K. AU - Fuellen, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - ExprEssence–revealing the essence of differential experimental data in the context of an interaction/regulation net-work JO - BMC Syst Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-4-164 DO - 10.1186/1752-0509-4-164 ID - Warsow2010 ER - TY - JOUR AU - Shojaie, A. AU - Michailidis, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Analysis of gene sets based on the underlying regulatory network JO - J Comput Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2008.0081 DO - 10.1089/cmb.2008.0081 ID - Shojaie2009 ER - TY - JOUR AU - Shojaie, A. AU - Michailidis, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Network Enrichment Analysis in Complex Experiments JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 9 ID - Shojaie2010 ER - TY - JOUR AU - Trairatphisan, P. AU - Mizera, A. AU - Pang, J. AU - Tantar, A. A. AU - Schneider, J. AU - Sauter, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Recent development and biomedical applications of probabilistic Boolean networks JO - Cell Commun Signal CCS VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1478-811X-11-46 DO - 10.1186/1478-811X-11-46 ID - Trairatphisan2013 ER - TY - JOUR AU - Lamb, J. AU - Crawford, E. D. AU - Peck, D. AU - Modell, J. W. AU - Blat, I. C. AU - Wrobel, M. J. AU - Lerner, J. AU - Brunet, J. -. P. AU - Subramanian, A. AU - Ross, K. N. AU - Reich, M. AU - Hieronymus, H. AU - Wei, G. AU - Armstrong, S. A. AU - Haggarty, S. J. AU - Clemons, P. A. AU - Wei, R. AU - Carr, S. A. AU - Lander, E. S. AU - Golub, T. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - The connectivity map: using gene-expression signatures to connect small molecules, genes, and disease JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1132939 DO - 10.1126/science.1132939 ID - Lamb2006 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 3 ID - Smyth2004 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. H. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Franceschini, A. AU - Szklarczyk, D. AU - Frankild, S. AU - Kuhn, M. AU - Simonovic, M. AU - Roth, A. AU - Lin, J. AU - Minguez, P. AU - Bork, P. AU - von Mering, C. AU - Jensen, L. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1094 DO - 10.1093/nar/gks1094 ID - Franceschini2013 ER - TY - JOUR AU - Razick, S. AU - Magklaras, G. AU - Donaldson, I. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - iRefIndex: a consolidated protein interaction database with provenance JO - BMC Bioinforma VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-405 DO - 10.1186/1471-2105-9-405 ID - Razick2008 ER - TY - JOUR AU - Kuhn, M. AU - Szklarczyk, D. AU - Franceschini, A. AU - von Mering, C. AU - Jensen, L. J. AU - Bork, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - STITCH 3: zooming in on protein-chemical interactions JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1011 DO - 10.1093/nar/gkr1011 ID - Kuhn2012 ER - TY - BOOK AU - Bengtsson, H. AU - Simpson, K. AU - Bullard, J. AU - Hansen, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Aroma.Affymetrix: a generic framework in R for analyzing small to very large affymetrix data sets in bounded memory PB - Tech Report #745, Department of Statistics, University of California CY - Berkeley ID - Bengtsson2008 ER - TY - JOUR AU - Chen, C. AU - Grennan, K. AU - Badner, J. AU - Zhang, D. AU - Gershon, E. AU - Jin, L. AU - Liu, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Removing batch effects in analysis of expression microarray data: an evaluation of six batch adjustment methods JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017238 DO - 10.1371/journal.pone.0017238 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Johnson, W. E. AU - Li, C. AU - Rabinovic, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods JO - Biostat Oxf Engl VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxj037 DO - 10.1093/biostatistics/kxj037 ID - Johnson2007 ER - TY - STD TI - ObjectDB - fast object database for java with JPA/JDO support.http://www.objectdb.com/, UR - http://www.objectdb.com/ ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Mani, K. M. AU - Lefebvre, C. AU - Wang, K. AU - Lim, W. K. AU - Basso, K. AU - Dalla-Favera, R. AU - Califano, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - A systems biology approach to prediction of oncogenes and molecular perturbation targets in B-cell lymphomas JO - Mol Syst Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2008.2 DO - 10.1038/msb.2008.2 ID - Mani2008 ER - TY - JOUR AU - Iskar, M. AU - Campillos, M. AU - Kuhn, M. AU - Jensen, L. J. AU - van Noort, V. AU - Bork, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Drug-induced regulation of target expression JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000925 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000925 ID - Iskar2010 ER - TY - JOUR AU - Yildirim, M. A. AU - Goh, K. -. I. AU - Cusick, M. E. AU - Barabási, A. -. L. AU - Vidal, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Drug-target network JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1338 DO - 10.1038/nbt1338 ID - Yildirim2007 ER - TY - JOUR AU - Emig, D. AU - Ivliev, A. AU - Pustovalova, O. AU - Lancashire, L. AU - Bureeva, S. AU - Nikolsky, Y. AU - Bessarabova, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Drug target prediction and repositioning using an integrated network-based approach JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0060618 DO - 10.1371/journal.pone.0060618 ID - Emig2013 ER - TY - JOUR AU - Bromberg, K. D. AU - Ma’ayan, A. AU - Neves, S. R. AU - Iyengar, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Design logic of a cannabinoid receptor signaling network that triggers neurite outgrowth JO - Science VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1152662 DO - 10.1126/science.1152662 ID - Bromberg2008 ER - TY - JOUR AU - Samaga, R. AU - Klamt, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Modeling approaches for qualitative and semi-quantitative analysis of cellular signaling networks JO - Cell Commun Signal CCS VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1478-811X-11-43 DO - 10.1186/1478-811X-11-43 ID - Samaga2013 ER - TY - JOUR AU - Cline, M. S. AU - Smoot, M. AU - Cerami, E. AU - Kuchinsky, A. AU - Landys, N. AU - Workman, C. AU - Christmas, R. AU - Avila-Campilo, I. AU - Creech, M. AU - Gross, B. AU - Hanspers, K. AU - Isserlin, R. AU - Kelley, R. AU - Killcoyne, S. AU - Lotia, S. AU - Maere, S. AU - Morris, J. AU - Ono, K. AU - Pavlovic, V. AU - Pico, A. R. AU - Vailaya, A. AU - Wang, P. -. L. AU - Adler, A. AU - Conklin, B. R. AU - Hood, L. AU - Kuiper, M. AU - Sander, C. AU - Schmulevich, I. AU - Schwikowski, B. AU - Warner, G. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Integration of biological networks and gene expression data using cytoscape JO - Nat Protoc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2007.324 DO - 10.1038/nprot.2007.324 ID - Cline2007 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Alexeyenko, A. AU - Lee, W. AU - Pernemalm, M. AU - Guegan, J. AU - Dessen, P. AU - Lazar, V. AU - Lehtiö, J. AU - Pawitan, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Network enrichment analysis: extension of gene-set enrichment analysis to gene networks JO - BMC Bioinforma VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-226 DO - 10.1186/1471-2105-13-226 ID - Alexeyenko2012 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. -. Z. PY - 2010 DA - 2010// TI - Modulation of embryonic stem cell fate and somatic cell reprogramming by small molecules JO - Reprod Biomed Online VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.rbmo.2010.03.021 DO - 10.1016/j.rbmo.2010.03.021 ID - Zhang2010 ER - TY - JOUR AU - Barrett, T. AU - Wilhite, S. E. AU - Ledoux, P. AU - Evangelista, C. AU - Kim, I. F. AU - Tomashevsky, M. AU - Marshall, K. A. AU - Phillippy, K. H. AU - Sherman, P. M. AU - Holko, M. AU - Yefanov, A. AU - Lee, H. AU - Zhang, N. AU - Robertson, C. L. AU - Serova, N. AU - Davis, S. AU - Soboleva, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - NCBI GEO: archive for functional genomics data sets--update JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1193 DO - 10.1093/nar/gks1193 ID - Barrett2013 ER - TY - BOOK PY - 2009 DA - 2009// TI - R: a language and environment for statistical computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Davis, S. AU - Meltzer, P. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - GEOquery: a bridge between the gene expression omnibus (GEO) and BioConductor JO - Bioinforma Oxf Engl VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm254 DO - 10.1093/bioinformatics/btm254 ID - Davis2007 ER - TY - JOUR AU - Stadtfeld, M. AU - Apostolou, E. AU - Ferrari, F. AU - Choi, J. AU - Walsh, R. M. AU - Chen, T. AU - Ooi, S. S. K. AU - Kim, S. Y. AU - Bestor, T. H. AU - Shioda, T. AU - Park, P. J. AU - Hochedlinger, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ascorbic acid prevents loss of Dlk1-Dio3 imprinting and facilitates generation of all-iPS cell mice from terminally differentiated B cells JO - Nat Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.1110 DO - 10.1038/ng.1110 ID - Stadtfeld2012 ER - TY - JOUR AU - Yoshioka, Y. AU - Ono, M. AU - Osaki, M. AU - Konishi, I. AU - Sakaguchi, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential effects of inhibition of bone morphogenic protein (BMP) signalling on T-cell activation and differentiation JO - Eur J Immunol VL - 42 UR - https://doi.org/10.1002/eji.201141702 DO - 10.1002/eji.201141702 ID - Yoshioka2012 ER - TY - JOUR AU - Lau, C. L. AU - Perreau, V. M. AU - Chen, M. J. AU - Cate, H. S. AU - Merlo, D. AU - Cheung, N. S. AU - O’Shea, R. D. AU - Beart, P. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptomic profiling of astrocytes treated with the Rho kinase inhibitor fasudil reveals cytoskeletal and pro-survival responses JO - J Cell Physiol VL - 227 UR - https://doi.org/10.1002/jcp.22838 DO - 10.1002/jcp.22838 ID - Lau2012 ER - TY - JOUR AU - Gautier, E. L. AU - Chow, A. AU - Spanbroek, R. AU - Marcelin, G. AU - Greter, M. AU - Jakubzick, C. AU - Bogunovic, M. AU - Leboeuf, M. AU - van Rooijen, N. AU - Habenicht, A. J. AU - Merad, M. AU - Randolph, G. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Systemic analysis of PPARγ in mouse macrophage populations reveals marked diversity in expression with critical roles in resolution of inflammation and airway immunity JO - J Immunol Baltim Md 1950 VL - 189 ID - Gautier2012 ER - TY - JOUR AU - Kubicek, S. AU - Gilbert, J. C. AU - Fomina-Yadlin, D. AU - Gitlin, A. D. AU - Yuan, Y. AU - Wagner, F. F. AU - Holson, E. B. AU - Luo, T. AU - Lewis, T. A. AU - Taylor, B. AU - Gupta, S. AU - Shamji, A. F. AU - Wagner, B. K. AU - Clemons, P. A. AU - Schreiber, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Chromatin-targeting small molecules cause class-specific transcriptional changes in pancreatic endocrine cells JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1201079109 DO - 10.1073/pnas.1201079109 ID - Kubicek2012 ER - TY - JOUR AU - Duval, D. AU - Trouillas, M. AU - Thibault, C. AU - Dembelé, D. AU - Diemunsch, F. AU - Reinhardt, B. AU - Mertz, A. L. AU - Dierich, A. AU - Boeuf, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Apoptosis and differentiation commitment: novel insights revealed by gene profiling studies in mouse embryonic stem cells JO - Cell Death Differ VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/sj.cdd.4401789 DO - 10.1038/sj.cdd.4401789 ID - Duval2006 ER - TY - JOUR AU - Lee, K. L. AU - Lim, S. K. AU - Orlov, Y. L. AU - Yit, L. Y. AU - Yang, H. AU - Ang, L. T. AU - Poellinger, L. AU - Lim, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions JO - PLoS Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002130 DO - 10.1371/journal.pgen.1002130 ID - Lee2011 ER - TY - JOUR AU - Lanner, F. AU - Lee, K. L. AU - Sohl, M. AU - Holmborn, K. AU - Yang, H. AU - Wilbertz, J. AU - Poellinger, L. AU - Rossant, J. AU - Farnebo, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Heparan sulfation-dependent fibroblast growth factor signaling maintains embryonic stem cells primed for differentiation in a heterogeneous state JO - Stem Cells Dayt Ohio VL - 28 ID - Lanner2010 ER - TY - JOUR AU - Ruau, D. AU - Ensenat-Waser, R. AU - Dinger, T. C. AU - Vallabhapurapu, D. S. AU - Rolletschek, A. AU - Hacker, C. AU - Hieronymus, T. AU - Wobus, A. M. AU - Müller, A. M. AU - Zenke, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Pluripotency associated genes are reactivated by chromatin-modifying agents in neurosphere cells JO - Stem Cells Dayt Ohio VL - 26 UR - https://doi.org/10.1634/stemcells.2007-0649 DO - 10.1634/stemcells.2007-0649 ID - Ruau2008 ER - TY - JOUR AU - Ulici, V. AU - James, C. G. AU - Hoenselaar, K. D. AU - Beier, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Regulation of gene expression by PI3K in mouse growth plate chondrocytes JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0008866 DO - 10.1371/journal.pone.0008866 ID - Ulici2010 ER - TY - JOUR AU - Schroeder, T. M. AU - Nair, A. K. AU - Staggs, R. AU - Lamblin, A. -. F. AU - Westendorf, J. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gene profile analysis of osteoblast genes differentially regulated by histone deacetylase inhibitors JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-362 DO - 10.1186/1471-2164-8-362 ID - Schroeder2007 ER - TY - JOUR AU - Mai, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Small-molecule chromatin-modifying agents: therapeutic applications JO - Epigenomics VL - 2 UR - https://doi.org/10.2217/epi.10.7 DO - 10.2217/epi.10.7 ID - Mai2010 ER - TY - JOUR AU - Narayanan, M. AU - Vetta, A. AU - Schadt, E. E. AU - Zhu, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Simultaneous clustering of multiple gene expression and physical interaction datasets JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000742 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000742 ID - Narayanan2010 ER - TY - JOUR AU - Carro, M. S. AU - Lim, W. K. AU - Alvarez, M. J. AU - Bollo, R. J. AU - Zhao, X. AU - Snyder, E. Y. AU - Sulman, E. P. AU - Anne, S. L. AU - Doetsch, F. AU - Colman, H. AU - Lasorella, A. AU - Aldape, K. AU - Califano, A. AU - Iavarone, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - The transcriptional network for mesenchymal transformation of brain tumours JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08712 DO - 10.1038/nature08712 ID - Carro2010 ER - TY - JOUR AU - Zien, A. AU - Küffner, R. AU - Zimmer, R. AU - Lengauer, T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Analysis of gene expression data with pathway scores JO - Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol VL - 8 ID - Zien2000 ER - TY - JOUR AU - Faust, K. AU - Dupont, P. AU - Callut, J. AU - van Helden, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction JO - Bioinforma Oxf Engl VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq105 DO - 10.1093/bioinformatics/btq105 ID - Faust2010 ER - TY - JOUR AU - Szklarczyk, D. AU - Franceschini, A. AU - Kuhn, M. AU - Simonovic, M. AU - Roth, A. AU - Minguez, P. AU - Doerks, T. AU - Stark, M. AU - Muller, J. AU - Bork, P. AU - Jensen, L. J. AU - von Mering, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq973 DO - 10.1093/nar/gkq973 ID - Szklarczyk2011 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J R Stat Soc Ser B Methodol VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Hu, S. AU - Wilson, K. D. AU - Ghosh, Z. AU - Han, L. AU - Wang, Y. AU - Lan, F. AU - Ransohoff, K. J. AU - Burridge, P. AU - Wu, J. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - MicroRNA-302 increases reprogramming efficiency via repression of NR2F2 JO - Stem Cells Dayt Ohio VL - 31 UR - https://doi.org/10.1002/stem.1278 DO - 10.1002/stem.1278 ID - Hu2013 ER -